Пептиды впервые были выделены из гидролизатов белков, полученных с помощью ферментирования.
Огромный вклад в разгадку строения белков внес выдающийся немецкий ученый Эмиль Фишер
Термин пептид предложен Эмилем Фишером, который к 1905 году разработал общий метод синтеза пептидов.
В 1902 году Фишер положил начало синтезу полипептидов и получил первый чистый дипептид.
До него, несмотря на множество работ, химия белка была одной из самых запутанных областей науки. Ученые умели расщеплять белки с помощью кислотного, щелочного и протеолитического гидролиза, однако не могли разделять получившиеся сложные смеси. Для этого лучше всего подходит хроматография (на бумаге или ионообменных смолах), однако Цвет изобрел одну из разновидностей этого метода (адсорбционную хроматографию) и применил для разделения пигментов листа только в конце XIX – начале XX века. Повторно его изобретение начали использовать для разделения смесей веществ только в 1930-е годы. В конце XIX – начале XX века стало ясно, что в состав белков входят аминокислоты. Но входит ли что-то еще? Во все ли белки? Как связаны между собой аминокислоты и другие молекулы, образующие белок? Чем белки различаются между собой?
На эти вопросы еще предстояло ответить. 
В смесях, получавшихся при гидролизе белков, находили отдельные аминокислоты (к 1900 году их было обнаружено 13), всё остальное называли пептонами и как следует описать не могли.
Фишер разработал обширную программу исследования белков. Важное место в ней занимал синтез аминокислот и пептидов. С его помощью ученый стремился получить неопровержимые доказательства своей теории строения белков как цепочек аминокислот.
Всего Фишер и его сотрудники синтезировали более 125 пептидов различного состава и молекулярного веса. Самый крупный из них состоял из 18 аминокислотных остатков. Эти пептиды Фишер сравнивал с пептонами, полученными при гидролизе, и убеждался, что во многих случаях их свойства одинаковы. Тем самым ученый доказал, что при гидролизе белков образуются пептиды – цепочки аминокислот, связанных амидными (пептидными) связями, образующимися между – COOH и –NH2-группами. Отсюда было совсем недалеко до вывода, что и природные белки состоят из цепочек аминокислот.
Развитая Фишером теория строения белков, несмотря на солидные доказательства ее правильности, была воспринята не сразу и не всеми. Долгое время, вплоть до 1940-х годов, в ходу были и другие гипотезы. Они окончательно отпали, когда появились методы разделения белков, пептидов и аминокислот и сложились современные представления о генетическом коде и биосинтезе белка на рибосомах.
В 1953 В. Дю Виньо синтезировал окситоцин, первый полипептидный гормон. В 1963 г., на основе концепции твердофазного пептидного синтеза (P. Меррифилд) были созданы автоматические синтезаторы пептидов. Использование методов синтеза полипептидов позволило получить синтетический инсулин и др. ферменты.
| 
